¡Nota! No tengo estudios legales, así que si mi argumentación le parece incorrecta, consulte con un abogado especializado 
Me temo que hay varios factores:
1. Por un lado la existencia de diferentes convenios (al menos Galicia tenía uno propio) y por lo tanto posibles costes diferentes (y no sólo porque la convocatoria o la escena tengan un precio diferente... hay otros factores, como por ejemplo la definición de la longitud de la escena: no es lo mismo que una escena o "take" sean, digamos -es un suponer- 8 que 10 líneas).
2. Diferentes tipos de relaciones entre estudio y actor de doblaje:
a. El clásico trabajador por cuenta ajena, que está sujeto (salvo que se lo salte) a convenio colectivo. Los costes de la S.S. se reparten entre trabajador y empleador de forma prefijada por la ley. Al menos en Galicia hasta la década de los 90 era la forma de contratación habitual... aunque había también actores de doblaje que se incribían en el segundo grupo... imagino [MODE OPINION] que cuanto más se trabaje y si parte de esos trabajos te obligan a ello (la mayoría de la publicidad p.ej.) se opte por esta última opción [/MODE OPINION].
b. El trabajador por cuenta propia, también conocido como autónomo, que actúa como empresa (es el caso de los que facturan) y por lo tanto no está sujeto a convenio colectivo: sus precios son libres... más aún, entiendo que han de serlos porque de demostrarse algún tipo de pacto en precios sería denunciable ante el Tribunal de la Competencia. La cotización a la S.S. corre por cuenta del autónomo... que si pretende "hace negocio" (o al menos sobrevivir, visto el panorama), deberá contemplarlo al hacer una oferta o aceptar la del estudio, así como otros gastos (transporte, tiempo que consumirá el trabajo que no permitirá realizar otros, etc.).