Suponiendo que no tengas ningún virus o cosas por el estilo, se me ocurren un par de causas posibles, aunque vete a saber.
Si creo entenderte, el disco duro lo llenaste tu mismo ¿no? porque en este caso podría ser que al estar el disco lleno, el sistema no tiene sito para la memoria virtual o archivo de paginación, que viene a ser la memoria almacenada de los programas en uso (como la RAM, pero de acceso más lento). Si llenas el disco duro hasta el límite, el SO no tiene sitio para la memoria virtual, y claro, una vez liberas espacio, el sistema lo ocupa enseguida con algo que necesita y le estabas "negando"
Otra causa posible es que paulatinamente esté ocupando más y más la información de Restaurar Sistema. En Windows Vista te comerá el 10% del disco duro, y no podrás hacer nada al respecto (bueno, desactivarlo, pero no lo recomiendo), en XP y 7 te dejará decidir cuanto espacio quieres que utilice. Es una causa frecuente de porqué el disco duro se llena sin causa aparente.
También puedes probar a borrar los archivos temporales de internet, que a veces pueden llegar a ocupar varios Gb. Utiliza el asistente de liberación de espacio en el disco y a ver qué puedes sacar.
Y como siempre, asumo que puedo equivocarme y no ser nada de esto, cada PC es un mundo
