The Spirit, estoy prácticamente de acuerdo en todo contigo. Si bien creo que se te olvida mencionar a Luis Mas como el Padre Joe, tal vez el papel más complicado de la película, que lo hace realmente bien.
María del Mar Tamarit, como dije en el post sobre "El Proyecto Laura" y en el de "Doblaje de Expediente X 2", lo hace realmente bien. Por el parecido de voz con Laura (creo que eso era lo principal a la hora de buscar sustituta), antes de estrenarse la peli hubiera preferido a Rosa María Hernández, pero visto el resultado final sólo queda felicitar a María del Mar Tamarit.
Dices que echas de menos a muchos personajes, pero si vistes el final de la serie (temporadas 8 y 9) sabrás que eso era imposible (por razones obvias

), salvo en el caso del director Kersh, John Doggett y Mónica Reyes; estos dos últimos tal vez podrían haber hecho los papeles de Xzibit y Amanda Peet.
Y tienes toda la razón, porque aunque a mí me gustó la peli, hay muchos episodios mejores (incluso mejores que los tres que comentas), como los sublimes "Truco", "La guerra de los coprófagos", "Home", Redux", "Biogénesis", "This is not happening", etc. Y como tú bien dices, la gran primera peli (muy subestimada por tratarse de "Expediente X") es mucho mejor que ésta.
Sobre el narrador de lozalizaciones y créditos, según la ficha de la serie fue José María Martín, tal como comenta Klaatu, y a partir de la temporada 7 fue Gregorio Tavío.